Existem várias manchas diferentes que podem ser usadas para visualizar e fotografar o DNA após o material ter sido separado por eletroforese em gel. Entre as muitas opções, essas cinco cepas são as mais comuns, começando com o brometo de etídio, que é o mais utilizado. Ao trabalhar com esse processo, é importante não apenas conhecer as diferenças entre as cepas, mas também os riscos à saúde inerentes.
01 brometo de etídio
O brometo de etídio é provavelmente o corante mais conhecido para a visualização do DNA. Este corante pode ser usado na mistura de gel, no tampão de eletroforese ou para manchar o gel depois de ser executado. Moléculas do corante aderem às fitas de DNA e fluorescem sob luz UV, mostrando exatamente onde as bandas estão dentro do gel. Apesar de sua vantagem, a desvantagem é que o brometo de etídio é um agente cancerígeno em potencial, por isso deve ser manuseado com muito cuidado. Por causa dos potenciais riscos à saúde de trabalhar com este gel, alternativas foram encontradas. 02 SYBR Gold
O corante SYBR Gold pode ser usado para corar DNA duplo ou single-stranded, ou para corar RNA. O SYBR Gold foi uma das primeiras alternativas ao brometo de etídio para chegar ao mercado e é considerado mais sensível que o brometo de etídio. O corante exibe uma fluorescência UV 1000 vezes maior quando está ligada a ácidos nucleicos. Em seguida, ele penetra em géis de agarose de alta e alta porcentagem e pode ser usado em géis de formaldeído. Como a fluorescência da molécula não ligada é tão baixa, a descoloração não é necessária. A Molecular Probes, detentora de licenças, também desenvolveu e comercializou, desde o lançamento da SYBR Gold, SYBR Safe e SYBR Green, alternativas mais seguras ao brometo de etídio.
03 SYBR Green
As manchas SYBR Green I e II (novamente, comercializadas pela Molecular Probes) são otimizadas para diferentes propósitos. Por se ligarem ao DNA, ainda são considerados potenciais mutagênicos e, por isso, devem ser manuseados com cuidado. O SYBR Green I é mais sensível para uso com DNA de fita dupla, enquanto o SYBR Green II, por outro lado, é melhor para uso com DNA ou RNA de fita simples. Tal como a popular mancha de brometo de etídio, estas manchas altamente sensíveis fluorescem sob luz UV. 04 SYBR Safe
O SYBR Safe foi projetado para ser uma alternativa mais segura ao Brometo de Etídio e outras manchas SYBR. Não é considerado um resíduo perigoso e geralmente pode ser descartado através dos sistemas regulares de esgoto (ou seja, pelo ralo), porque o teste de toxicidade indica que não há toxicidade aguda. O teste também indica que há pouca ou nenhuma genotoxicidade em células de Embrião de Hamster Sírio (SHE), linfócitos humanos, células de linfoma de ratinho e no teste AMES. A mancha pode ser usada com um transiluminador de luz azul que causa menos danos ao DNA visualizado e oferece melhor eficiência para posterior clonagem. 05 Eva Green
O Eva Green é um corante verde fluorescente que inibe a PCR em menor grau do que outros corantes. Isso o torna muito útil para aplicações como PCR quantitativo em tempo real. Também é uma boa escolha se você estiver usando géis de baixo ponto de fusão para a recuperação do DNA. É muito estável a altas temperaturas e tem fluorescência muito baixa por si só, mas é altamente fluorescente quando ligado ao DNA. O Eva Green também demonstrou ter baixa ou nenhuma citotoxicidade ou mutagenicidade.